Struktur organisasi Pengadilan Agama Kabanjahe berpedoman kepada KMA Nomor 5 Tahun 1996 tanggal 13 Agustus 1996 dimana disebutkan bahwa unsur pimpinan adalah Ketua dan Wakil Ketua, kemudian ada kelompok Fungsional Hakim dan ada kelompok Fungsional Panitera Pengganti. Selanutnya secara struktur dibawah Ketua ada Panitera/Sekretaris dibantu oleh Wakil Panitera dan Wakil Sekretaris. Wakil Panitera dibantu Oleh Panitera Muda Gugatan, Panitera Muda Permohonan, dan Panitera Muda Hukum. Sedangkan Wakil Sekretaris dibantu oleh Kepala Urusan Umum, Kepala Urusan Keuangan dan Kepala Urusan Kepegawaian.

Untuk lebih lengkapnya dapat dilihat seperti dibawah ini: